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dsh-science

編輯精選維護狀態: 活躍

biociao/dsh-science

面向基因組、病原體與生物資訊學的科研工作臺:ReAct 研究迴圈引擎、帶來源追蹤的版本化產物與多個科學技能。

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$ dsh plugin add dsh-science

45

星數

4

Fork

JavaScript

語言

MIT

授權條款

2026-08-14

建立於

2026-10-21

最近推送

一個原生 DeepSeek Harness 外掛,把 DSH 變成面向生命科學的 Claude Science 風格科研工作台:ReAct 研究迴圈、帶溯源的版本化產物,以及 SSH / HPC 遠端運算。

DSH 整合

原生執行環境

作者聲明

安全稽核

未稽核

最後核實

2026-09-05

授權條款

MIT

01它能幫你完成什麼?

  • 在 DeepSeek Harness 裡跑基因體學 / 病原體 / 人類健康 / 生物資訊的 ReAct 研究迴圈

    一份 `research-manifest.json` 狀態機,記錄 問題 → 假說 → 實驗 → 觀察 → 分析 → 結論 → 下一個問題

    使用 DeepSeek Harness 的生物資訊與生命科學研究者,想要結構化、可復原的研究迴圈

  • 把每個結果存成帶溯源的版本化產物

    結果儲存在 `artifacts/<name>/v<N>/` 下,含逐檔 SHA-256、`artifact.json` 溯源記錄與只附加的 `provenance.md`

    需要可稽核、可復原科研成果(記錄命令 / 輸入 / 環境)的研究者

  • 從 DeepSeek Harness 工作階段把運算任務分派到 SSH / HPC 叢集

    16 個 `remote_*` 工具(remote_host_add、remote_host_probe、remote_host_notes、remote_run、remote_status、remote_logs 等)用於遠端執行

    需要在遠端叢集上跑任務、又不想離開 DSH 研究迴圈的計算生物學家

02如何將外掛接入 DeepSeek Harness?

作者未說明

03DSH 整合程度與能力邊界

DSH 整合原生執行環境

DeepSeek Harness 的原生 dsh-plugin——一套 Claude Science 風格科研工作台,提供 ReAct 研究迴圈引擎、帶溯源的版本化產物,以及 SSH / HPC 遠端運算引擎。

  • ReAct 研究迴圈引擎

    基因體學 / 病原體 / 人類健康 / 生物資訊的研究問題→八個 research_* 工具驅動的 research-manifest.json 狀態機

  • 帶溯源的版本化產物

    任意研究結果→artifacts/<name>/v<N>/,含逐檔 SHA-256、artifact.json 溯源與只附加的 provenance.md

  • 遠端運算引擎(SSH / HPC 叢集)

    要在遠端主機 / 叢集上跑的運算任務→16 個 remote_* 工具,用於 SSH / HPC 叢集執行

    連線到你設定的外部 SSH / HPC 主機

04適合誰?何時不該用?

適合

  • 使用 DeepSeek Harness 的生物資訊與生命科學研究者,想要結構化、可復原的研究迴圈
  • 需要可稽核、可復原科研成果(記錄命令 / 輸入 / 環境)的研究者
  • 需要在遠端叢集上跑任務、又不想離開 DSH 研究迴圈的計算生物學家

05相容性、維護與安全提醒

  • 遠端運算引擎鎖定 SSH / HPC 叢集,需要你提供 SSH 或 HPC 叢集的存取權限;它不是純本地功能。
  • 需要 Node.js >= 18(README 的 node 徽章標註 node>=18)。
2026-08-142026-08-18v0.2.0

MIT · 活躍維護中(最新發布 v0.2.0,2026-08-18)

06常見問題

dsh-science 是什麼,怎麼和 DeepSeek Harness 整合?

dsh-science 是一套 Claude Science 風格的科研工作台,作為 dsh-plugin 接入 DeepSeek Harness,涵蓋基因體學 / 病原體 / 人類健康 / 生物資訊。它提供 ReAct 研究迴圈引擎、帶溯源的版本化產物、SSH / HPC 遠端運算引擎,以及 11 個科學技能。

ReAct 研究迴圈由哪些工具組成?

八個 research_* 工具——research_init、research_state、research_hypothesis、research_experiment、research_findings、research_phase、research_review、research_report——持久化到 research-manifest.json 狀態機(問題 → 假說 → 實驗 → 觀察 → 分析 → 結論 → 下一個問題)。

產物溯源是怎麼做的?

每個結果都存為 artifacts/<name>/v<N>/,含逐檔 SHA-256、artifact.json 溯源記錄(命令 / 輸入 / 環境 / envFile)與只附加的 provenance.md,透過 artifact_save / artifact_list / artifact_show / artifact_diff / artifact_verify / artifact_deprecate / artifact_reproduce 操作。

能在遠端叢集上跑運算嗎?

可以——遠端運算引擎提供 16 個 remote_* 工具(remote_host_add、remote_host_probe、remote_host_notes、remote_run、remote_status、remote_logs 等)用於 SSH / HPC 叢集執行。需要你提供 SSH 或 HPC 叢集的存取權限。

08資料與來源

  • 作者聲明github.com23767ab2f8d7…

    for [DeepSeek Harness](https://github.com/deepseek-ai/deepseek-harness) — for genomics / pathogens / human health / bioi…

  • 作者聲明github.com23767ab2f8d7…

    Claude Science-style research workbench for DSH: ReAct research-loop engine (research_* tools)

此頁面根據專案公開文件、儲存庫中繼資料與 DSH Plugins 的結構化解析所產生;最後核實於 2026-09-05。發現錯誤?提交更正。

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